Là thành viên cuối cùng của chính phủ Nga liên kết chặt chẽ với Yeltsin[cần dẫn nguồn], Kasyanov đã bị cách chức, cùng với toàn bộ nội các Nga, bởi Tổng thống Vladimir Putin ngày 24 tháng 2 năm 2004 sau hơn ba năm nắm quyền.

Trong nhiệm kỳ này của Kasyanov chính phủ đã thực hiện những đột phá quan trọng trong việc đưa ra và thực hiện thành công nhiều cải cách trong nhiều lĩnh vực của nền kinh tế Nga và lĩnh vực công - những cải cách thuế và tài chính, cải cách hải quan, cải cách lương bổng, tái tổ chức cơ cấu quốc gia (lĩnh vực năng lượng, đường sắt). Lạm phát giảm đáng kể và nền kinh tế Nga đã tăng tới một phần ba. Cùng lúc ấy, chính sách đa dạng hóa kinh tế khẩn cấp vừa được khởi động đã không được thực hiện đầy đủ.

Một năm sau ngày bị cách chức (24 tháng 2 năm 2005) Kasyanov đã có một cuộc họp báo trong đó ông nói rằng mình có thể tham gia vào cuộc bầu cử tổng thống năm 2008. Ý định của ông được ủng hộ một cách không triệt để bởi những nhà tỷ phú Leonid Nevzlin và Boris Berezovsky (cả hai đều đang sống lưu vong sau những cáo buộc tham nhũng chống lại họ ở nước Nga) và cựu vô địch cờ vua Garry Kasparov.

Tháng 4 năm 2006 Mikhail Kasyanov được bầu làm chủ tịch Liên minh Dân chủ Nhân dân (PDU), một tổ chức vô chính phủ mới được thành lập. PDU là một trong những đồng sáng lập hội nghị "Nước Nga Khác" đầu tiên vào tháng 7 năm 2006 và của liên minh "Nước Nga Khác" được thành lập tại hội nghị. Kasyanov và PDU tham gia tích cực vào hoạt động của liên minh và có mặt trong những cuộc Diễu hành của những người phản đối tại Moscow và St.Petersburg – những cuộc biểu tình phản đối đầu tiên sau nhiều năm. Ngày 3 tháng 3 năm 2007, Kasparov và Kasyanov phát biểu phản đối chính phủ Putin trước hàng nghìn người ủng hộ tại cuộc Diễu hành của những người phản kháng Saint Petersburg.

Tại một lần xuất hiện ở Viện Nghiên cứu Chiến lược Quốc tế ngày 26 tháng 6 năm 2006, Kasyanov đã chỉ trích nội các của Putin. Ông nói: "Sự chia sẻ quyền lực đã bị xóa bỏ hoàn toàn và bị thay thế bởi cái gọi là ‘Quyền lực theo chiều dọc’ dựa trên ý tưởng sai lầm rằng mọi xã hội có ý nghĩa và các quá trình chính trị phải được giữ dưới sự kiểm soát của nhà nước. Chính phủ và nghị viện không thể hoạt động được nữa nếu không có các chỉ thị hàng ngày. Nhánh tư pháp ngày càng lệ thuộc. Truyền hình độc lập không tồn tại nữa ở mức độ liên bang và đang nhanh chóng bị loại bỏ tại các vùng. Hơn nữa, các công ty thuộc sở hữu nhà nước và chính nhà nước đang tăng cường quản lý truyền thông điện tử và in ấn. Trách nhiệm của quyền lực ở mức độ vùng đã hoàn toàn bị xóa bỏ bởi việc hủy bỏ các cuộc bầu cử thống đốc trực tiếp." [1]

Tới năm 2007 PDU có các chi nhánh tại 75 vùng của Nga . Tháng 6 năm 2007 Kasyanov được chỉ định làm ứng cử viên cho cuộc bầu cử tổng thống của PDU. Tháng 9 năm 2007 đảng chính trị mới Nhân dân vì Dân chủ và Công lý (ru:Народ за демократию и справедливость) [2] được thành lập trên cơ sở PDU, và Kasyanov được bầu làm chủ tịch của nó.

Những cáo buộc rằng Kasyanov lấy 2% hoa hồng để đổi lấy việc bỏ qua cho những vụ làm ăn hối lộ và bất hợp pháp khi còn làm việc tại Bộ Tài chính từ năm 1993 đến năm 1999 khiến ông bị gọi là "Misha 2 phần trăm" trên truyền thông Nga.[3][4] Trong Tương lai kinh tế không chắc chắn của Nga, viết cho Ủy ban Kết hợp Kinh tế Nghị viện Hoa Kỳ, nhữn cáo buộc đó bị miêu tả là có cơ sở,[5] và một bài báo trên tờ Spiegel từ năm 2007 ghi rằng Kasyanov nhấn mạnh rằng ông chỉ có thu nhập như một công chức với khoản lương từ chính phủ và ông chỉ tham gia vào một doanh nghiệp tư nhân từ khi rời bỏ chức vụ thủ tướng. Bài viết này cũng cho rằng Kasyanov đã mua ngôi nhà nghỉ vùng nông thôn (dacha) của nhà cựu lý luận của Đảng Cộng sản Liên Xô Mikhail Suslov trị giá nhiều triệu Euros.[3]